Die Umweltverbände und Bürgerinitiativen wollen dem Bundestag keine eigenen Vertreter für die Kommission „Lagerung hochradioaktive Abfallstoffe“ vorschlagen. Dies teilte der Deutsche Naturschutzring (DNR) nach Abstimmung mit anderen Organisationen in einem offenen Brief mit. Als Grund werden zentrale Kritikpunkte am Standortauswahlgesetz genannt. Die Vertreter der Bürgerinitiativen und Umweltverbände hätten sich bei einem gemeinsamen Treffen im Dezember mit großer Mehrheit geeinigt, dass zahlreiche Punkte nicht akzeptabel seien. Man wolle diese stattdessen in einem Gespräch mit dem Bundestag darlegen und diskutieren.
So fordern die Bürger und Umweltschützer insbesondere eine breite gesellschaftliche Beteiligung an der Debatte über die Vorgehensweise. Die Atommülllagerung sei schließlich eine Jahrtausendaufgabe, die Generationen beschäftige. Die erforderliche breite gesellschaftliche Diskussion werde jedoch in eine Kommission verlagert, in der die Bevölkerung ausgeschlossen sei. Die Konzentration auf „hochradioaktive Abfallstoffe“ beschränke den Blick zudem auf lediglich rund fünf Prozent des durch die Atomkraftwerke verursachten radioaktiven Mülls. Des Weiteren lehnen die Umweltschützer Gorleben als möglichen Standort ab – die Kommission hingegen schließt ihn nicht als mögliches Endlager aus. Auch das Thema Finanzierung verursacht Unstimmigkeiten. Die Umweltschützer halten einen von den Betreibern der Atomkraftwerke gespeisten öffentlichen Fonds nicht für sicher. Ebenfalls kritisch gesehen wird die Tatsache, dass die Länder weniger Mitspracherecht haben sollen und stattdessen eine „Superbehörde“ weitreichende Kompetenzen auch in Fragen des Gewässerschutzes und des Bergrechts erhält.