Der laut einer Ministeriumssprecherin abberufene Leiter der Abteilung Sicherheit kerntechnischer Einrichtungen, Strahlenschutz, nukleare Ver- und Entsorgung war unter Atomkraftgegnern äußerst umstritten. Nach dem Regierungswechsel zu Rot-Grün 1998 wechselte er zunächst zum Viag-Konzern, der später im Energieunternehmen Eon aufging. Bei Viag verhandelte er als „Generalbevollmächtigter für Wirtschaftspolitik“ den damaligen „Atomkonsens“ zum schrittweisen Ausstieg aus der Kernkraft auf Seiten der Konzerne mit. Später beriet er als Mitarbeiter einer Anwaltskanzlei unter anderem den Betreiber des Atommülllagers Asse.
Seitenwechsel zwischen Politik und Wirtschaft
2009 holte der damalige Umweltminister Norbert Röttgen Hennenhöfer dann zurück auf seinen alten Posten im Ministerium. Opposition und Umweltverbände kritisierten seine erneute Berufung damals scharf. So bezeichnete die Deutsche Umwelthilfe (DUH) Hennenhöfers vorherige Tätigkeit für Kraftwerksbetreiber Eon, dessen Aktivitäten er nun kontrollieren müsse, als „absoluten Ausschlussgrund“. Zuletzt war der oberste deutsche Atomaufseher noch aufgestiegen: Als Vorsitzender der Gruppe der Leiter der europäischen Atomaufsichtsbehörden koordinierte Hennenhöfer den Austausch zur Sicherheit von Atomkraftwerken in Europa.
Der Lobbyismus-kritische Verein Lobby Control wirft Hennenhöfer aufgrund der Seitenwechsel zwischen Politik und Wirtschaft vor, er verkörpere „wie kaum ein anderer in Deutschland das Prinzip Drehtür“. Ein weiteres Comeback im Ministerium erscheint aber selbst bei einem Regierungswechsel unwahrscheinlich: Mit 66 Jahren hat Hennenhöfer das Pensionsalter bereits überschritten.